El 24 de setiembre de 2021 fue convocado para disputar la fecha triple contra Chile en Lima, Bolivia en La Paz y Argentina en Buenos Aires. También fue llevado a la Copa América 2021 donde realizó su debut. Su adversario en dicha instancia fue Estados Unidos, con el que había una deuda pendiente, pues la selección de «las barras y las estrellas» había derrotado a México en cuartos de Final de la Copa América de Uruguay 1995. El «Tri» saldó la deuda luego de vencer 1-0 a los estadounidenses en la prórroga.
México recibió a Brasil en el Estadio Azteca, el 27 de julio de 2003, y aunque llegaba en buen momento, no cayó en exceso en confianza, pues en el cuadro amazónico empezaban a despuntar algunos jugadores que después serían figuras internacionales, como Kaká, Adriano y Robinho. La magnitud del evento y el prestigio del rival se prestaban para hacer un gran partido, ante un pletórico Estadio Azteca, la selección mexicana en un apretado encuentro ante Brasil que tenía en sus filas a jugadores de la talla de Ronaldinho, Dida, Emerson y Vampeta. El momento cumbre llegaría cuando, el 4 de agosto de 1999, se enfrentó a Brasil en la final.
Pero Brasil tuvo una reacción bravía y desbarató el 2-0 adverso, con goles de Serginho, al 43′, y Roni, al 47′. México recuperaría pronto la ventaja de dos goles, de nuevo con Zepeda, al 51′, y mediante un gol de Cuauhtémoc Blanco, al 62′. El «Scratch de Oro» se acercó al 63′, con un gol de Zé Roberto, pero la defensa tricolor aguantó el tiempo restante, para que México lograra el título más importante de su historia a nivel de selecciones mayores. La Selección Mexicana inició su participación con un 5-1 sobre Arabia Saudita, en una tarde relevante para Cuauhtémoc Blanco, quien se despachó con cuatro goles.
Por tanto, fue necesario el relevo de técnico de Enrique Meza (quien había sustituido a Manuel Lapuente luego de una derrota ante Trinidad y Tobago en la ronda semifinal de la eliminatoria) por Javier Aguirre; este funcionó y logró clasificar en segundo lugar de la zona cuanto todo parecía perdido con cuatro victorias y un empate en la segunda vuelta. 4:4 con Trinidad y Tobago. En la Copa de Oro de la Concacaf 2002, con un equipo alternativo que se preparaba para la Copa Mundial de Fútbol de Corea-Japón 2002, la selección fue eliminada en cuartos de final por la selección de Corea del Sur en tanda de penales.
La espera rindió sus frutos, ya que el «Tricolor» obtuvo el gallardete en la edición de la Copa de Oro de la Concacaf 2003, que se organizó simultáneamente en el Distrito Federal (México), Foxboro y Miami (Estados Unidos). El brasileño fue alineado en las dos primeras jornadas, pero se quedó fuera de la convocatoria del primer encuentro de la Copa de la UEFA, lo cual indignó al delantero y provocaron una tensa charla entre técnico y jugador a la vista de todos los medios de comunicación en la Ciudad Deportiva.
Al día siguiente, se organiza una ceremonia que usualmente es dirigida por personajes públicos, y finalmente se da inicio a la recepción de los campeones en el balcón del ayuntamiento. Miguel Zepeda inauguró el marcador a los 13 minutos, una ventaja que se amplió a los 28′, por medio de José Manuel Abundis.
En la plantilla mexicana sobresalieron elementos como Cuauhtémoc Blanco, José Manuel Abundis, Rafael Márquez, como saber si una camiseta de fútbol es original Claudio Suárez y Miguel Zepeda. Rafael Márquez fue expulsado del juego por un cabezazo propinado a Cobi Jones. Llega a la segunda ronda al quedar (como en las últimas 2 ediciones) en el segundo lugar del grupo.
La época de dominio mexicano en la Concacaf terminó en la Copa de Oro de la Concacaf 2000, cuando sorpresivamente fue derrotada en la ronda de cuartos de final, en el Estadio Qualcomm de San Diego 2-1, con gol de oro, por Canadá, que a la postre sería campeona del torneo. Con seis puntos (segundo lugar del grupo) pasó a la siguiente ronda enfrentando en cuartos de final a Perú, venciéndolo 4-2 en penales (empate 3:3). En semifinales enfrenta al equipo favorito para el título, el campeón mundial y continental, Brasil, quien lo derrota por marcador de 2-0. Nuevamente la actuación se cierra con la obtención del tercer lugar al vencer 2-1 a Chile.